El riesgo de efectos secundarios de los antibióticos podría exceder al beneficio de la profilaxis antibiótica. A la hora de reducir el riesgo de endocarditis infecciosa es más importante mantener una buena higiene oral.
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Por lo tanto, la profilaxis antibiótica previa a los procedimientos dentales sólo debería administrarse en pacientes con alto riesgo de sufrir endocarditis bacteriana (ver tabla 3) antes de procedimientos dentales considerados de alto riesgo de bacteriemia (raspado y alisado radicular, exodoncia, colocación subgingival de fibras antibióticas, inyecciones anestésicas locales en tejidos infectados, limpieza profesional o tartrectomía, cirugía periodontal y colocación de implante dental).
No se recomienda profilaxis para las inyecciones de anestesia local en tejido no infectado, la eliminación de suturas, rayos X dentales, colocación o ajuste de aparatos o correctores prostodónticos y ortodónticos movibles, obturaciones, endodoncias, ni la extracción de dientes deciduos o de un traumatismo labial o de mucosa oral.
Si se utiliza profilaxis antibiótica se debe dar en dosis única previa al procedimiento; no se recomienda en ningún caso profilaxis postintervención ni pautas de varios días, como se hace con más frecuencia de lo deseable.